Поделиться геномом
Участники проекта Nextstrain к пандемии нынешнего масштаба были готовы еще пять лет назад, когда был запущен их сайт. Это проект с открытым исходным кодом, который отслеживает распространение вирусов, используя данные об их генетических вариациях. К январю 2020 года у Nextstrain были команды на трех континентах и ресурсы, позволявшие непрерывно обновлять анализ вируса в круглосуточном режиме. Однако исследователи не знали, согласятся ли ученые отдавать полученные ими новые данные для всеобщего использования.
Но уже 11 января они получили первую последовательность генома вируса SARS-CoV-2 от ученых Шанхайского клинического центра общественного здравоохранения в Китае. А к концу марта Nextstrain получал от 50 до 200 последовательностей в день из лабораторий со всех концов света. И каждые несколько часов сотрудники компании могли проводить анализ эволюции вируса, доступный для всех.
Nextstrain — это только один пример того, как принцип открытости стимулировал ответ ученых на пандемию. Академики, составители баз данных, умельцы с 3D-принтерами внедряют новые методы быстрого обмена информацией и совместной работы, что очень важно в чрезвычайной обстановке кризиса. Можно предположить, что изменения в модели функционирования науки останутся в силе и после того, как пандемия утихнет, пишет журнал Nature.
Сделай сам в 3D
Возможно, этот идеал открытости и сотрудничества нигде не проявляется так ярко, как в сообществах мастеров-любителей. Когда выяснилось, что в больницах катастрофически не хватает оборудования для лечения больных и защиты персонала, «самоделкины» поспешили на помощь.
Группы в Facebook, вроде Open Source COVID19 Medical Supplies, насчитывающей более 70 тысяч участников, стали своеобразными диспетчерскими центрами. Через них больницы ищут волонтеров для изготовления или распечатки на 3D-принтерах необходимых инструментов или оборудования. Там же участники обсуждают, какие материалы использовать, где их закупать, как проводить процедуры стерилизации и прочие важные вопросы.
«Коронакризис» высветил сильные стороны 3D-печати: оперативное создание прототипов и возможность производить детали на заказ в любой точке мира. Prusa Research, производитель 3D-принтеров в Праге, разработал лицевой щиток, который надвигается поверх маски или респиратора для защиты от разлетающихся капель мокроты больного. Компания производит до 800 таких экранов в день, и они уже защищают медиков в чешских больницах. Компания сделала этот проект открытым, и такие щитки теперь можно делать в любой точке планеты.
Американский производитель 3D-принтеров Formlabs из штата Массачусетс создал проект по печати комплектов для анализа на Covid-19. Палочка для взятия мазка должна быть длинной, тонкой и гибкой, чтобы проникать глубоко в носоглотку. Врачи из больниц Флориды и Нью-Йорка с помощью 3D-принтеров Formlabs создают и сами усовершенствуют свои прототипы. Они придумали и реализовали более функциональный вариант наконечника палочки со сложной текстурой, сообщает Nature.
Согласно американским законам, коммерческое производство таких наборов должно осуществляться на предприятии, зарегистрированном Управлением по контролю за продуктами и лекарствами США (FDA). У Formlabs есть собственная зарегистрированная лаборатория с 250 принтерами, которые могут печатать до 100 тысяч тестовых наборов в день.
Помочь людям дышать
Одной из главных дефицитных позиций в больницах в марте-апреле стали аппараты для вентиляции легких. Среди наиболее перспективных разработок — вентилятор OpenLung, совместный проект компаний из Торонто и Дублина, — и аппарат MIT Emergency Ventilator, разработанный в Массачусетском технологическом институте. Такие устройства подлежат утверждению регулирующими органами, и одно из них под названием Spiro Wave уже получило экстренное разрешение на использование от федеральной Администрации по делам продовольствия и медикаментов, и больницы Нью-Йорка уже заказали 3000 единиц.
В Великобритании Университетский колледж Лондона, больница при этом колледже и гоночная команда Mercedes Formula One совместными усилиями разработали и оптимизировали прибор «постоянного положительного давления в дыхательных путях» (о начале разработки Rus.Lsm.lv писал в самом начале апреля). Британские надзорные органы одобрили устройство для использования. Технология предоставляется бесплатно для производителей и исследователей. Национальная служба здравоохранения Великобритании заказала 10 000 таких аппаратов.
Информация в свободном доступе
Сайты bioRxiv и medRxiv, публикующие препринты научных работ (до их рассмотрения рецензентами) уже разместили более 2 тысяч статей о коронавирусе и пандемии.
Обширная информация о Covid-19 доступна на сайте совместного использования кода GitHub, включая данные, лежащие в основе широко используемой платформы Университета Джонса Хопкинса. Там же можно найти обзоры научной литературы о Covid-19, подготовленные исследователями Медицинской школы Икан в Нью-Йорке и Пенсильванского университета.
Мало кто предполагал, что ученые настолько активно примут идею «открытой науки» в самом начале эпидемии — ведь уже обнародованные работы может быть затруднительно публиковать позже, в обычном порядке. После того, как китайские исследователи загрузили первую последовательность генома вируса SARS-CoV-2 в онлайн-репозитории virological.org и GenBank, прецедент был создан, и шлюзы открылись. Это очень ценно, поскольку не во всех лабораториях есть оборудование и персонал для исследования генома вируса, и эта работа требует времени и денег.
Нынешнее сотрудничество и открытость могут продолжаться и для исследования других вирусов и сезонных вспышек, резюмирует журнал Nature.
